Frischluft e.V. erhält auf Bundesebene eine institutionelle Förderung aus Mitteln des Kinder- und Jugendplans des Bundes (KJP). Damit kann Frischluft e.V. eine Geschäftsstelle mit anderthalb Personalstellen betreiben sowie Gremiensitzungen und Kurse von bundesweiter Relevanz durchführen.

Zusätzlich kann Frischluft Projektmittel, beispielsweise für internationale Jugendarbeit oder sonstige jugendpolitische Projekte beantragen. Bewilligte Anträge der letzten Jahre ermöglichten vor allem internationalen Jugendaustausch. Die Zuwendungen wurden vor allem vom BMFSFJ und der Stiftung Deutsch-Russischer Jugendaustausch gewährt.

Darüber hinaus finanziert sich der Verband aus Mitgliedsbeiträgen und Spenden, die zur Aufrechterhaltung der Arbeit wichtig sind.

Die Landes- und Kreisverbände von Frischluft e.V. sind selbständig und gewährleisten ihre Finanzierung ihrerseits, sowohl durch Mitgliedsbeiträge und Spenden, aber auch teilweise durch öffentliche Mittel.

Einrichtungen wie Jugendclubs, die von Frischluft betrieben werden, werden in der Regel durch kommunale Mittel finanziert.