Die Arbeit von Frischluft e.V. wird auf unterschiedlichen Ebenen finanziert und setzt sich aus mehreren Bausteinen zusammen. 

Ein wichtiger Bestandteil ist die institutionelle Förderung auf Bundesebene durch das Bundesministerium für Bildung, Familie, Senioren, Frauen und Jugend (BMBFSFJ) im Rahmen des Kinder- und Jugendplans (KJP). Diese ermöglicht es dem Verein, eine Geschäftsstelle mit rund anderthalb Personalstellen zu unterhalten. Außerdem können darüber bundesweit Bildungs- und Kursangebote für junge Menschen sowie relevante Gremiensitzungen organisiert werden. 

Darüber hinaus beantragt Frischluft e.V. regelmäßig Projektmittel, zum Beispiel für Gedenkstättenfahrten. In den vergangenen Jahren konnten so insbesondere Gedenkstättenfahrten nach Auschwitz ermöglicht werden. Die Förderung erfolgte dabei durch das Internationale Bildungs- und Begegnungswerk (IBB).

Ein weiterer wichtiger Finanzierungsbaustein sind Mitgliedsbeiträge und Spenden, die wesentlich dazu beitragen, die kontinuierliche Arbeit des Verbandes zu sichern. 

Die Landes- und Kreisverbände von Frischluft e.V. sind organisatorisch selbstständig und finanzieren ihre Arbeit eigenverantwortlich.

Einrichtungen wie Jugendclubs, die von Frischluft betrieben werden, werden in der Regel durch kommunale Mittel finanziert.